国内の製品を含め、世界で生産されているほとんどの不活性ワクチンには、1930年頃よりチメロサールと呼ばれる輸送・保存時の防腐剤が、容器内の細菌などによる汚染を防ぐ目的で含まれています。

チメロサールは約49％のエチル水銀を含んでいますが、健康被害が報告されているメチル水銀とは異なり、神経組織を始めとした臓器親和性は低く、その半減期（体内に取り込まれた量が半分に減るのに要する期間）も短くて、1週間未満（メチル水銀は半減期約１カ月半）とされています。

現在のところ、実際的な健康被害の報告も、ワクチンに含有されているような少量で、局所の発赤や軽度腫脹以上の、重大な健康被害（神経疾患など）を生じるといったような因果関係を証明する研究報告もありませんが、安全性に対する問題点が議論されています。

WHOは当面はチメロサールを可能な限り減量し、将来的には代換えとなる保存剤を開発し、これを除くことを各国に向けて勧告しています。国内でもこの勧告を受け入れ、減量の方向で努力が続けられ、現在市場に流通しているチメロサール含有製品には痕跡程度の量（0.008㎎/mL～0.1㎎/mL）しか含まれていません。